Dr. med. Thomas Franke studierte Medizin und Zahnmedizin an den Universitäten Kiel, Innsbruck und Berlin. Regelmäßige Famulaturen in der Klinik für Mund-, Kiefer-, Gesichtschirurgie Kiel begeisterten ihn von Anfang an für dieses Fachgebiet.

Um sich breit aufzustellen, erfolgte zunächst eine chirurgische Grundausbildung im Malteser Krankenhaus Flensburg in der Klinik für Allgemein-, Unfall-, Gefäß-, und Thoraxchirurgie. Anschließend erfolgte der Wechsel als Arzt in Weiterbildung in die Klinik für Hals-, Nasen-, Ohrenheilkunde im Unfallkrankenhaus in Berlin. Im Jahr 2009 erfolgte der Wechsel als Wissenschaftlicher Mitarbeiter in die Klinik für Mund-, Kiefer- und plastische Gesichtschirurgie in die Berliner Charité.  Nach einer weiteren Station an der Klinik für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie in Neuruppin, schloss er 2015 seine Ausbildung zum Facharzt für Mund-, Kiefer- und Gesichtschirurgie ab.

Seit 2015 ist er mit eigener Praxis für Mund-, Kiefer-, Gesichtschirurgie in Berlin niedergelassen. Im Jahr 2022 erfolgte die Weiterbildungsberechtigung für Oralchirurgie.